年末調整を効率化する方法【令和8年分】基礎控除の引上げ対応と電子化の進め方

年末調整を効率化する近道は、「変更点の確認」「申告書の回収」「内容の確認」の3つを、紙とExcelの往復から切り離すことです。特に令和8年分は、基礎控除の引上げや扶養親族の所得要件の改正があり、従業員からの問い合わせや申告書の差し戻しが例年より増えることが予想されます。

本記事では、国税庁が公表している「令和8年分 年末調整のしかた」の「昨年と比べて変わった点」をもとに改正内容を整理したうえで、担当者の負担を減らすための電子化と自動化の進め方を、工程ごとに解説します。税額計算の細かな判断は、国税庁の資料や顧問税理士の確認を前提としてください。

令和8年分の年末調整で変わった点

国税庁の資料によると、令和8年度税制改正により、所得税の基礎控除の引上げなどが行われました。これらの改正は、原則として令和8年12月1日に施行され、令和8年分以後の所得税に適用されます。そのため、令和8年12月に行う年末調整など、12月以後の源泉徴収事務に変更が生じます。

基礎控除の金額は、合計所得金額の区分によって異なり、令和8・9年分と令和10年分以後でも異なります。たとえば、合計所得金額が489万円超655万円以下の区分は67万円、655万円超2,350万円以下の区分は62万円とされています。区分ごとの正確な金額は、必ず国税庁の資料の表で確認してください。

扶養親族の要件の改正で必要になる手続き

扶養親族等の所得要件の改正は、令和8年12月1日以後に支払う給与等から適用されます。この改正によって新たに扶養親族等の要件を満たすことになった親族がいる場合、扶養控除等の適用を受けるには「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」等の提出が必要とされています。

たとえば、アルバイト収入のある学生の子や、パート収入のある配偶者がいる従業員は、これまで対象外だった親族が対象になる可能性があります。担当者から従業員へ、この点を早めに案内しておくことが、12月の差し戻しを減らすことにつながります。

生命保険料控除の特例

年齢23歳未満の扶養親族がいる場合、令和8・9年分の新生命保険料に係る一般生命保険料控除の控除額の計算が変わり、適用限度額が6万円（改正前：4万円）とされました。一般生命保険料控除、介護医療保険料控除、個人年金保険料控除の合計適用限度額は、改正前と同じ12万円です。保険料控除申告書の記入方法にも影響するため、周知文に含めておくと安心です。

年末調整のどこに時間がかかっているか

年末調整の負担は、税額計算そのものよりも、申告書の配付・回収・確認・差し戻しに集中しがちです。

ここから分かるように、効率化の効果が大きいのは「回収」と「確認」です。従業員が紙に手書きし、担当者が目で確認して入力する流れを変えることが、もっとも大きな改善になります。

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効率化の方法1：申告書の回収を電子化する

国税庁は、年末調整手続の電子化を進めており、従業員が申告書データを作成するための「年末調整控除申告書作成用ソフトウェア」（年調ソフト）を無償で提供しています。国税庁の仕様に対応した民間のソフトウェアやクラウドの給与・労務サービスを使う方法もあります。

さらに、マイナポータル連携を使うと、従業員は保険料控除などで使う控除証明書等のデータをマイナポータル経由で一括取得し、年調ソフトなどに自動入力できます。利用にはマイナンバーカードやマイナポータルの利用者登録などの準備が必要で、手続きに数日かかる場合があります。

効率化の方法2：確認作業を自動化する

申告書をデータで受け取れば、確認作業の多くを自動化できます。紙の場合でも、Excelやスプレッドシートに入力した段階でチェックを自動化できます。

• 必須項目（氏名・扶養親族の情報など）が空欄になっていないか
• 扶養親族の所得の見積額が、令和8年分の所得要件（62万円以下など）を超えていないか
• 控除証明書の金額と申告書の金額が一致しているか
• 前年と比べて扶養親族の人数や内容が大きく変わっていないか
• 提出期限を過ぎた従業員はいないか

このようなチェックは、スプレッドシートの関数や条件付き書式でも実現できます。Excel作業の自動化の基本はExcel業務の自動化ガイドで解説しています。提出状況の催促は、ワークフロー自動化ツールで「期限の3日前と前日に未提出者へチャットで通知する」といった仕組みにすると、担当者が個別に連絡する手間を減らせます。

従業員への周知文テンプレート

改正がある年は、周知文の質で問い合わせの件数が大きく変わります。次の構成をベースに、自社の提出方法に合わせて調整してください。

工程別のスケジュール例

すでに11月に入っている場合は、今年は「周知文の改善」と「確認作業のチェックリスト化」に絞り、電子化は来年の10月に向けて準備するのが現実的です。

来年に向けた振り返りのポイント

年末調整は年に1回の業務のため、ノウハウが担当者の頭の中に残りがちです。1月のうちに次の点を記録しておくと、来年の負担が大きく減ります。

• 問い合わせが多かった質問と、その回答
• 差し戻しが多かった項目と、その原因
• 提出が遅れた部署や従業員の傾向
• 手入力や転記が発生した工程

この記録をもとに、周知文と記入例を更新し、電子化の対象範囲を決めていきます。経理業務全体の自動化は請求書業務の自動化、承認の流れの整理はワークフローシステムの選び方も参考になります。

FlowStack Labsの見解：年末調整は「年1回の大仕事」から「毎月の小さな更新」へ

年末調整が大変なのは、1年分の情報を12月に一度に集めようとするからです。私たちは、年末調整を毎月の小さなデータ更新の積み重ねとして設計し直すことをおすすめしています。

たとえば、結婚・出産・扶養親族の変更などの届け出を、発生したタイミングで社内のフォームから受け付け、従業員マスタに反映しておけば、12月に確認すべき項目は大きく減ります。今年のように改正がある年でも、影響を受ける従業員を早めに抽出して個別に案内できます。

もう1つ大切なのは、電子化の目的を「担当者の手間削減」だけにしないことです。従業員にとっても、手書きや証明書の紛失がなくなり、入力ミスによる差し戻しが減るというメリットがあります。両方のメリットを周知文で伝えることが、利用率を上げるいちばんの近道だと考えています。

よくある質問

まとめ

• 令和8年分の年末調整では、基礎控除の引上げ、給与所得控除の最低保障額の引上げ、扶養親族等の所得要件の改正、23歳未満の扶養親族がいる場合の生命保険料控除の特例があります。
• 改正は原則として令和8年12月1日施行で、11月までの源泉徴収事務は変わらず、12月の年末調整で精算します。
• 効率化の効果が大きいのは「回収」と「確認」で、電子化と自動チェックが有効です。
• 電子化の初年度はおおむね2か月前の周知が望ましく、間に合わない場合は来年に向けて準備します。

年末調整や給与・労務まわりの業務の電子化、申告書の回収・確認の自動化は、FlowStack Labsの無料相談でご相談いただけます。バックオフィス全体の効率化は社内業務の自動化もご覧ください。

参考資料

• 国税庁「年末調整がよくわかるページ（令和8年分 年末調整）」
• 国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」昨年と比べて変わった点（PDF）
• 国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」各種資料
• 国税庁「年末調整手続の電子化へ向けた準備」
• 国税庁「マイナポータルを活用した年末調整手続について（よくある質問）」